全书共分13章，其中第1章至第3章是关于微生物进化、系统发生、微生物类群概述及微生物培养和富集分离方法；第4章至第6章为基础遗传、基因表达调控和遗传性变异规律；第7章介绍各种诱变剂的诱变机制及使用方法，为诱变育种打基础；第8章至第10章结合介绍可移动遗传因子（噬菌体、质粒和转座子）的结构与功能，介绍如何利用这些因子作为育种工具，进行诱变、基因的横向转移的新技术，达到经典方法不能达到的的育种效果。而最后三章--诱变育种、杂交育种和原生质体融合则是本书的落脚点点，尤其是12和13章将原生质体融合技术与诱变育种结合，提出了微生物育种的最终方案，建立一个平衡的育种计划，使得原本只进行无性繁殖的真细菌和真核生物的半知菌，也能在人力干预的条件下进行与高等生物一样的基因突变与遗传重组相结合的育种模式，从而大大加速了微生物育种的速度和效率。