全书共分为五章，对元代以前、元代、明代、清代四个时期的藏传佛教寺院管理的情况进行了全面深入的研究。具体而言，全书充分利用汉藏文献资料，采取系统归纳法，对不同历史时期藏传佛教寺院管理的具体内容和演变历史进行较为全面系统的梳理、归纳。同时，还采取比较研究的方法，对不同历史时期、不同教派之间藏传佛教寺院的发展和管理进行了比较。此外，对不同时期全国宗教发展状况、国家宗教政策及宗教管理状况进行概述的同时，对当时藏区藏传佛教及其寺院发展的情况做了系统梳理，并将藏传佛教寺院管理置于全国宗教发展及宗教政策演变的大背景和藏区藏传佛教发展的具体环境中进行分析探讨，不仅更符合历史实际，而且使研究更具深度和较宽广的视野。