丁野和东方奇将坍塌的奇点世界恢复正常，回复了平时的生活。帮助过他们的杨教授却凭空消失了，丁野也失踪了。东方奇带着杨教授留下的葫芦丝，找到丁野，并与警方前往当地探查，发现怪事连连，有一块岩石，会发出音乐之声，更有小孩在附近失踪。在调查过程中，警方被地下冒出的雕塑全部拖入地内失踪。多亏葫芦丝音乐救了两人一命，有几位同学前来帮忙，也被当地的岩石吞吃。丁野和东方奇几经生死，终被一个制作葫芦丝的少年哏丛国所救，原来哏丛国又名为岩石，他吹奏葫芦丝时，能将那会唱歌的岩石应和打开，岩石分子有吸纳声音的能力，奇怪的是，岩石打开后，里面有几个小石人雕像，正是被它吞噬的人的雕像，哏丛国竟将雕像和葫芦丝吞下肚子后，自己分子重组，化为了一个葫芦丝。丁野和东方奇往内一看，竟有小人在里面，二人想用镊子将里面的小人取出，不了从天而降一把巨型镊子，反而夹住了他们两人，两人一看，忽发觉自己所在环境，居然是一个巨大的葫芦丝内部，有山石湖泊，有怪兽丛林，四季反复不定，危机处处四伏，这到底是怎么回事，他们能否救出被葫芦丝困住的大家，他们是被微缩了，还是葫芦丝变大了？他们只能用从杨教授的书中寻求答案，找出真相，岩石的葫芦丝中，原来藏着一个惊天动地的秘密——独立微型宇宙。这个微型宇宙连接着正反物质世界，它不但能导致世界毁灭，更有可能导致整个宇宙的湮灭。他们要如何能够逃出去？防止宇宙湮灭呢？