《科学神探》内容主要包含四大部分，首先应用历史上经典相关案例（或日常生活中常见的案例）引入，激发学习兴趣。然后就明确目标，言简意赅的阐明其中的理论知识，选取整个案例中最精彩并可操作的部分动手实训（动手实训环节可用扫码看视频的方式观看实验视频）。小节回顾部分总结前面几个环节的经验教训，并将这些收获带入到创意拓展环节新的模拟案例当中（模拟案例结合VR技术）。个别章节的创意拓展部分可以设为趣味阅读，介绍与小节内容相关的探案奇闻异事、名人大案等。每章的中间部分还有与基础学科的结合，包括科学探案过程中应用到的地球科学、物理学、化学、生命科学、数学等学科，各学科根据章节内容分布各章当中。每章的最后有安全防范小常识，总结本章的内容，提供可参考的安全防范知识，提高孩子们的安全防范意识。