生态工程是相对物态工程而言的。生态学的理念和尺度是三个层次（种内、种间和天人）生态关系的高效和谐，建立在世界是由生命及生命系统组成的唯生主义的基础之上；物理（态）学的理念和尺度是”拆分”思维，在追求”物质利益最大化”中创造了机械、机器以及工业化的物质文明，建立在”世界是物质的，物质是在不断地运动”的唯物主义的基础之上。生态工程与规划是超越并包容物理思维、物理安全的生态思维和生态安全的生态机制、生态机巧的工程学之系列工艺的表达。本书的第一篇为生态工程与规划的理论篇，主要论述生态学、工程学、规划设计的基本理论以及物理安全和生态安全、物理思维和生态思维的区别和联系，以及生态工程中的规划表达方式、步骤和手法。第二篇为生命科学中的微观层次的生态工程与规划，包括基因、发酵、繁育、养生、医疗等生态工程与规划的实操案例。第三篇为生命科学中的宏观层次的生态工程与规划，包括水资源、森林生态、生态农业、生态工业、生态城市等生态工程与规划的理论与实践。全书是在追求人类三层次生态关系“无废无污、高效和谐”的目标、标志和结果基础上，用循环经济、低碳经济和生态经济的“物质开放式闭合循环”生态机巧，建构“废料和原料”“碳源和碳汇”的循环对接机制，以及和谐人类与动植物、人类与微生物、人类与大自然之间的协同进化、共生共存的生态关系，使人类走向社会、经济、生态三方面的可持续发展。