《虚空城之谜》是“植物大战僵尸2·恐龙漫画”系列图书中的一册，以植物大战僵尸游戏中的角色和侏罗纪的恐龙为主角，讲述了植物穿越到中生代遇见恐龙，在冒险中成长的故事。豌豆射手玩了一款叫《恐龙大冒险》的游戏，无意中被时空能量投递到遥远的侏罗纪。在侏罗纪的森林里，豌豆射手遇到了小华阳龙莉琪和她的妈妈，得知植食恐龙长久以来生活在肉食恐龙的阴影之下。为求自保，莉琪要去危险的木湖山寻找六角宝石。原来，六角宝石不仅是进入虚空城的“钥匙”，更蕴含着激发个体潜能的神奇力量。在木湖山，玉米投手挺身而出，拿到六角宝石，救下豌豆射手和莉琪，豌豆射手才终于明白了什么才是真正的朋友。与此同时，变身茄子联手僵尸博士，也为六角宝石而来，一场关系到生死存亡的宝石抢夺战就这样展开。