《朱次琦集》主体部分包括六种著述：（1）《朱九江先生集》，为朱氏晚年弟子简朝亮在其去世后据当时遗世的资料编纂而成，此次整理以光绪二十三年本为底本；（2）《朱九江先生论史口说》，是朱氏门人辑录其生前讲授前四史的笔记，此次整理以光绪庚子本为底本；（3）《朱九江先生经说》《朱九江先生谈诗》《朱九江先生论书》，为朱杰勤先生在民国时期整理发表的，此次整理对其做了重新校订；（4）《朱氏传芳集》，是朱次琦与其弟朱宗琦共同编纂的朱氏明清两代名杰和家族交游的诗文集，此次整理以咸丰十一年本为底本。附录部分，收入相关集外诗赋、佚文等。