全书遵循经文本身的结构，按照“题解”“原文”“简注”“今译”“评析”的次序，对《解深密经》作了深入细致的探究。“题解”部分，位于经文每一品的开头，对该品的大义给予提纲挈领的说明，并适时地与本经乃至整个唯识思想进行关联。“简注”部分，择取经文中的关键名相，予以简明扼要的注释。“今译”部分，以现代汉语对“原文”进行逐字逐句的翻译，并适当增补字句，使文意更加明晰，尤其能够满足读者的阅读需求。“评析”部分，是全书的核心；在此，作者以《解深密经》为中心，贯通《楞伽经》《瑜伽师地论》《辩中边论》《大乘庄严经论》《摄大乘论》《成唯识论》等唯识主要经论，对唯识论进行整体性的研究和解释。