《本草纲目》共 52卷，采用“目随纲举”编写体例。包括序例，历代诸家本草，百病主治药等，载药一千八百余种，附图千余种。其中以部为“纲”，以类为“目”，计分16部（水、火、土、金石、草、谷、菜、果、木、服器、虫、鳞、介、禽、兽、人）60类。部之下为60类，各类中常将许多同科属生物排列在一起。其中“释名”列举别名，解释命名意义；“集解”介绍药物出产、形态、采收等；“辨疑”（“正误”）类集诸家之说，辨析纠正药物疑误；“修治”述炮炙方法；“气味”“主治”“发明”阐述药性理论，提示用药要点，其下每多作者个人见解；“附方”以病为题，附列相关方剂。本次编定《本草纲目》突出了实用性，挑选了对当代人依然有使用价值的条目。