《刑事诉讼法适用手册》以刑事诉讼法的适用为主要目的，采用了以法典为中心分散列举的编排模式——即以修订后的刑事诉讼法法条为主线，将司法解释和相关规定拆分，纳入每一条之下。该编排模式彰显了刑事诉讼法法典的核心地位，将派生性的各种规范性法律文件统一在法典逐条之下，实现了不同规定在统一规范下的统一。《刑事诉讼法适用手册》采用正文、目录、索引相结合的编写方式。正文部分分为法条、配套解释、实践中的一般做法三个部分。在规范性法律文件与司法解释的编排过程中，编写人员遵照最密切联系原则，收纳了200余部规范性法律文件的核心内容，编排内容科学、准确。