从民国时期云南土司分布情况看，按照东西南北排列，然而，根据民国政府1945年调查的结果显示，云南土司由1930 年的113 余处，减少到99 处，由原来分布在37 县(局)减少到28 个县(局)，云南土司数目呈现越来越少的趋势。最近30年内，由于人们对文化遗产缺乏认识，没有根本的遗产保护概念。加之地方政府对遗留建筑的随意拆迁改造，导致云南土司遗迹大部分遭遇了毁灭性的劫难。云南土司文化是少数民族文化的重要组成部分，它给后人留下了宝贵的文化遗产以及许多珍贵的物品，但由于人为的破坏，以及当地经济状况的限制，得不到足够的重视，致使土司遗迹面临濒临消亡的现状。故而，完成云南土司遗迹的调查，根据当地实际情况，寻求经济效益与文化遗产保护的有机平衡点，可以更为有效地保护云南土司遗迹。