如果注销企业电子签章时显示用户证书过期，自动延期失败，可以尝试以下处理方法：

1. 确认证书有效期：确保所使用的证书仍在有效期内，如果过期，需要重新申请新的证书。
2. 重新申请证书：如果证书确实已经过期，需要重新申请一个新的证书。可以联系相关认证机构或签章服务提供商，获取新的申请指南和流程。
3. 确保系统兼容：确保所使用的电子签章系统与所使用的软件或系统兼容，并且支持新版本的证书。
4. 更新签章数据：如果证书过期不久，可以尝试更新签章数据。这通常涉及到将新的证书信息导入到系统中，以替换旧的数据。
5. 联系服务提供商：如果以上方法都无法解决问题，可以联系签章服务提供商或相关技术支持团队，向他们咨询详细信息并寻求帮助。

请注意，以上建议仅供参考，具体操作可能因不同的电子签章系统和认证机构而有所不同。建议详细阅读相关文档和指南，并遵循指导进行操作。