自然人本期免税收入的修改可以通过两种方式实现：

1. 直接修改申报表，根据需要修改免税收入的具体项目和金额，重新提交申报。
2. 在自然人电子税务局客户端的“下载”模块中找到错误的预填申报表，自行维护修改有关数据后重新提交。如错误数据较多，请通过“更正申报”功能重新办理。这种方式仅适用于自然人在电子税务局客户端申报的情况下。

请注意，自然人本期免税收入涉及的具体政策和操作可能会因地区而异，所以如果您需要更具体的指导，最好咨询当地税务部门或专业的财务机构。