第三人拿着结算单找公司要钱，公司付了是否合法，要视具体情况而定。

首先，如果第三人确实有正当的债务原因，那么公司付款是合法的。但是，如果公司与第三人串通损害公司利益或者第三人明知债务人无支付能力仍然与债务人签订合同，则这种行为可能违法，会受到相应的法律责任。

因此，公司付款时应该对债务的真实情况进行严格审查，以避免陷入法律纠纷。如果存在争议或纠纷，应该及时寻求专业法律人士的帮助，以保障公司的合法权益。