十二烷基-β-D-麦芽糖苷α和β的区分主要在于分子结构。α型中羟基与脂肪烃基的连接方式是近侧次甲基键连接，而β型是远次甲基键连接。因此，通过这种分子结构差异可以区分α和β型。