武汉工程大学自考本科入读存在一些弊端，包括但不限于以下几点：

1. **教学资源有限**：全日制自考本科的学生与统招生不同，他们是在校外办学点学习，因此可能存在教学资源上的不足，如教师资源、教学设备等。
2. **学习氛围不同**：全日制自考本科的在校生主要是普通本科生，而自考生可能来自不同的背景，学习氛围相对较松。
3. **课程安排有差异**：全日制自考本科的课程通常由本校的学术专家和行业专家联合授课，注重学术和实践的结合。而自考生的课程可能主要依赖教师的讲解和自学，缺乏实践环节。
4. **证书认可度**：全日制自考本科毕业生的文凭(包括学位证)是由主考院校颁发的，社会对于自考的社会认可度可能会因个人经验、能力等因素而有所不同。

总的来说，进入武汉工程大学自考本科就读可能面临教学质量、学习氛围、课程安排以及证书认可度等方面的挑战。然而，这并不意味着选择自考就是错误的，每个人都应该根据自己的情况做出最适合自己的选择。同时，对于自考生的学历问题，国家予以承认。以上信息仅供参考，如有需要，建议您咨询相关工作人员。