芽孢杆菌和芽孢杆菌（F）在分类上属于同一种细菌，但在具体含义和应用上存在一些差异。

一般来说，芽孢杆菌是指一类细菌，它们在适宜条件下能够形成芽孢，是一种休眠体。这类细菌广泛存在于自然界中，具有很强的生长繁殖能力和有益作用，可以用于处理污水、改善土壤、促进植物生长等方面。

而芽孢杆菌（F）通常是指特定的芽孢杆菌品种，如枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）或地衣芽孢杆菌（Bacillus licheniformis）等。这些品种的芽孢杆菌在特定条件下可以产生抗菌物质、酶类和代谢产物，具有抗菌、抗肿瘤、抗病毒等作用，也被广泛应用于医药、食品、养殖等行业。

因此，芽孢杆菌和芽孢杆菌（F）的主要区别在于前者是指一类具有广泛作用的细菌，而后者则是指特定品种的芽孢杆菌，具有更加明确和特异的生物活性。