南京市医保局和溧水区人民政府分别属于不同级别的单位。南京市医保局是南京市人民政府的组成部门之一，属于市级行政机构，其行政级别与溧水区人民政府的行政级别是同等级的。而溧水区人民政府则是南京市下辖的一个区级行政机构，行政级别为县级。因此，南京市医保局的行政级别与溧水区人民政府的行政级别是平级的。

综上所述，南京市医保局和溧水区人民政府的行政级别是一样的，都是同级单位。