在雷电模拟器中允许上层的方法如下：

1. 打开雷电模拟器。
2. 在主页面中打开“系统设置”。
3. 在性能设置中，勾选“允许上层来源应用运行”。
4. 确认设置后，即可在雷电模拟器中允许上层应用运行。

以上步骤适用于安卓系统的模拟器，不同的系统版本可能略有不同，建议查看对应模拟器的使用手册或帮助文档，获取更详细的信息。