如果现在住的房改房补交土地出让金后成为个人的合法产权，那么再购买商品房时，个人名下只有一套房屋的情况下，购买的商品房不算第二套住宅。

需要注意的是，根据地方政策，有的地方会认定为是第二套房产，具体情况需要根据当地的房产部门认定为准。