佛店让顾客拜佛做功德是否违法需要视情况而定。
根据《宗教事务条例》规定，信教公民的集体宗教活动，一般应当在宗教活动场所内举行，由经宗教团体认定的宗教教职人员主持。
如果佛店在经营活动中让顾客拜佛做功德，没有违反上述规定，那么这种行为是合法的。
但是，如果佛店以盈利为目的，诱导或者强迫顾客拜佛做功德，可能会涉及到非法牟利的问题，因此需要根据具体情况来判断是否违法。
因此，佛店在经营活动中需要遵守相关法律法规和规定，不得违法经营和诱导消费者，同时需要尊重信教公民的宗教信仰自由和合法权益。