外购件合格证应当留在质检部门，以便后续检查和核对。入库时，质检部门应当对外购件进行检验，确保其符合相关标准和要求。合格证是证明该外购件符合相关标准的文件，应当由质检部门保留，以便在需要时可以随时查阅。如果合格证随物品入库，可能会造成混乱，甚至出现不合格品入库的情况，给企业带来损失。因此，将合格证留在质检部门是更为安全和有效的做法。