Nginx配置代理接口吞吐率变低的原因可能有多种，以下是一些可能的原因和相应的解决方法：

1. 服务器性能问题：如果服务器硬件资源（如CPU、内存、磁盘I/O等）不足，可能会导致代理性能下降。可以检查服务器的硬件资源使用情况，如果资源使用接近或超过限制，可能需要升级硬件或者优化代码以提高资源利用率。
2. 并发连接数过多：如果服务器需要处理的并发连接数过多，也可能导致代理性能下降。可以检查Nginx的配置文件，确保设置了适当的并发连接数限制。
3. Nginx配置不当：Nginx的配置文件会影响代理性能，例如代理缓冲区的大小、反向代理的配置等。可以检查Nginx的配置文件，确保配置文件正确并且符合业务需求。
4. 请求处理时间过长：如果请求处理时间过长，也会导致代理性能下降。可以检查请求的处理过程，找出处理时间过长的环节并进行优化。
5. 第三方模块冲突：如果使用了第三方模块，可能会与Nginx本身或其他第三方模块产生冲突，导致性能下降。可以检查日志文件和错误报告，找出冲突的原因并进行修复。
6. 并发量过大：如果服务器的并发量超过了服务器的处理能力，那么无论配置如何，性能都会下降。可以通过添加服务器、优化代码、减少并发请求等方式来提高服务器的处理能力。

综上所述，要解决Nginx配置代理接口吞吐率变低的问题，需要从多个方面进行排查和优化。建议根据实际情况进行逐一排查，必要时可以寻求专业人士的帮助。