在《藤野先生》中，“他们都拍掌欢呼起来”的背后原因可以理解为以下几点：

1. 藤野先生为“我”将怀揣着所学技能去寻求新的生活，走一条艰难而曲折的道路去求学深造的路而高兴。因为这显示了藤野先生对学生的关爱，以及对学生未来的发展感到欣慰。
2. 他们欢呼也是对藤野先生的尊敬和感激，他是一个没有狭隘民族偏见的人，对于来自异国他乡的“我”给予真诚的帮助和关心，这在他们看来是一种极大的荣誉。
3. 他们欢呼也反映了他们对自己能够有这样一位先生的自豪和骄傲，因为藤野先生是一位高尚的人，他值得被尊敬和爱戴。

以上原因仅供参考，可能还有其他原因，建议可以查阅相关的资料以获取更全面的信息。