建设单位擅自将施工单位合同内工程进行招标是违反规定的。根据《中华人民共和国招标投标法》的规定，招标人与投标人就招标项目进行协商或者招标人向投标人透露可能影响公平竞争的有关招标项目信息，都属于违法行为。

建设单位应当按照合同约定的内容进行工程建设，并遵守相关的法律法规和行业规定。如果建设单位需要将施工单位合同内工程进行招标的，也应当按照规定的程序和要求进行，确保公平、公正、合法。