智能快件箱收费被处罚依据主要包括以下几方面：

1. 《中华人民共和国价格法》：该法规定了商品价格和服务价格，应当按照社会平均成本加合理利润的原则制定。智能快件箱收费需要遵循这一原则，不得损害消费者的合法权益。
2. 《快递暂行条例》：该条例明确规定，经营快递业务的企业应当依法提供快递服务，保障用户合法权益。智能快件箱收费应当遵循公平、合法、诚实信用的原则，不得扰乱市场秩序。
3. 《邮政行政处罚程序规定》：该规定为邮政管理部门实施行政处罚提供了程序性要求，包括调查取证、证据保全、听证会等程序。在智能快件箱收费问题上，企业需要遵守相关程序，接受邮政管理部门的监管。
4. 《快递市场管理办法》：该办法规定了快递服务的质量标准、监督检查、违规处罚等方面的内容。智能快件箱收费行为需要符合该办法的规定，否则可能会受到相应的处罚。

综上所述，智能快件箱收费被处罚的主要依据包括《价格法》、《快递暂行条例》、《邮政行政处罚程序规定》和《快递市场管理办法》等法律法规。企业需要遵守相关法律法规，保障消费者的合法权益，并接受邮政管理部门的监管。