系统运行受到干扰，恶意代码来自系统内部，可以采取以下措施：

1. **更新系统和软件**：确保所有系统和软件都已更新到最新版本，因为攻击者常常利用已知系统的漏洞进行攻击。
2. **使用可靠的安全软件**：例如防病毒软件和防火墙，它们可以拦截并阻止恶意代码的运行。
3. **定期备份**：以防恶意代码破坏数据或系统。
4. **使用强密码**：并定期更改，以防止未经授权的访问。
5. **提高安全意识**：员工需要了解如何识别和防止网络钓鱼攻击、恶意邮件和网站等。
6. **监控系统**：通过实时监控系统活动，可以发现异常行为，并及时采取行动。
7. **识别并解决潜在的内鬼问题**：如果怀疑内部人员参与了攻击，需要展开调查并采取适当的纪律处分。
8. **定期审查代码和数据**：对系统内部的代码和数据进行定期审查，以确保没有隐藏的恶意代码存在。
9. **使用安全的网络连接**：尽量避免使用开放的网络连接，如公共 Wi-Fi，以减少遭受攻击的风险。
10. **限制远程访问**：只允许必要的人员远程访问系统，并确保他们了解如何防止恶意软件入侵。

通过以上措施，可以降低系统受到内部恶意代码干扰的风险。