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1868年，航运界传言在在海上有一只巨大的海怪，许多船只在海上都遇到了它，还有的和它相撞，从而引发危险事故。为了捕捉这只海怪，清除海洋世界里的危险，法国博物学家阿龙纳斯教授应美国军方的邀请，带着仆人康塞尔一起登上了“林肯”号中，一起捕捉那个传说 中巨大的海怪。在终于和海怪遭遇的时候，阿龙纳斯教授不小心失足落水，康塞尔以及来自加拿大的鱼枪手尼德·兰跳下水去救他。三个人在慌乱中爬到了怪特的背上，之后他们才发现，这只巨大的海怪原来是一艘设计精良的大型潜艇，它的主人是一个自称“尼摩舰长”的神秘人物。尼摩舰长把阿龙纳斯教授当成贵宾，带他们乘坐“鹦鹉螺”号，由此开始了一段传奇般的海底之旅……