小鬼僵尸和矿工僵尸无意中挖到一个宝箱，献给僵尸博士，宝箱中有一台笔记本电脑，僵尸博士从电脑中的信息，得知了水晶头骨的消息，兴致勃勃地去寻宝。豌豆射手、坚果和向日葵在山中与僵尸博士一行偶遇，并偷听到了水晶头骨的消息，鉴于水晶头骨能够催眠他人的重要性，决定抢夺水晶头骨。故事以此展开，经历了重重波折，倭瓜被捕，互相用水晶头骨催眠等，植物最终得到了水晶头骨，但却不小心撞碎了，故事就此结束。本漫画故事避开了“植物大战僵尸”游戏中植物和僵尸攻守的套路，以水晶头骨为线索，把植物与僵尸双方的动作串连起来，既有整体性，同时每一组四格又有一定独立性。