历史上亚特兰蒂斯为什么会突然沉没？这天，奇奇怪和龙玲珑护送金字塔返回埃及时，金字塔又遭到外力遥控，变形为金字塔巨怪，两人解决麻烦后，发现这跟海底金字塔以及亚特兰蒂斯的传说有关，回芒市城途中，他们被液体异能人液人王攻击，龙玲珑与液人王同归于尽，坠机入海，生死不明。奇奇怪回到芒市城，上级派他调查芒市四小隐形小孩啼哭的离奇怪案，奇奇怪发现那是一只变色大鲵所为，它跟着大鲵进入河水中的地下洞穴，遇到了地洞内与科科狂一模一样的科学怪人科科邪，科科邪预测到亚特兰蒂斯即将重现世界，毁灭整个人类，并将一枚能量磁欧石送给奇奇怪，派大鲵护送他前往海中金子塔，与液人王一战，阻止敌人阴谋，想不到，等待他的是死而复生的科科狂，此时，亚特兰蒂斯的通道已经开启，科科狂的阴谋却被更厉害的幕后黑手所颠覆，奇奇怪已经分不清谁是敌人，谁是朋友，制造种种一切恐怖事件的人，就在他的身边，他却看不见，芒市城将陷落坍塌进虫洞之内，整个世界将被亚特兰蒂斯入侵……奇奇怪能否揪出凶手，力挽狂澜？亚特兰蒂斯的新世界到底在哪？