南昌市院内停车场收费登记证的办理流程如下：

1. 准备相关材料：包括停车场的基本信息、负责人的身份证原件及复印件、停车场平面图、申请书等。
2. 到当地交警部门领取并填写《停车场登记申请表》。
3. 等待交警部门的审核。
4. 审核通过后，交警部门将颁发《南昌市机动车停车场（点）收费登记证》。

如果对具体流程和所需材料存在疑问，可以咨询南昌市交警部门，获取更详细的信息。