浙江省水上加油站办理柴油危化品经营许可的机构是浙江省交通运输厅。您需要准备相关的申请材料，包括企业法人营业执照、企业章程、加油站地理位置及建设合法性材料等，然后按照规定的程序和时间提交申请。具体来说，您需要前往当地交通运输部门或相关部门，并按照其要求提交申请材料。在申请通过后，您需要按照规定进行现场核查和验收，最终获得浙江省水上加油站柴油危化品经营许可。

请注意，具体的程序和要求可能会因地区而异，因此建议您在申请前仔细了解当地的相关规定和要求，并按照要求准备申请材料。如果您对具体的申请流程或材料要求有疑问，可以向当地交通运输部门或相关部门咨询。