在市场监管双随机一公开抽查中发现万元单位数据按元填写了，这可能被视为一个错误或疏忽。处理结果会根据具体情况而异，具体取决于市场监管部门的具体政策和规定。

一般来说，市场监管部门可能会采取以下一种或多种措施：

1. 口头警告或书面警告：市场监管部门可能会给予口头或书面警告，提醒相关人员注意数据输入的准确性。
2. 纠正错误：市场监管部门可能会要求相关人员纠正错误，确保万元单位数据正确填写。
3. 罚款或处罚：如果错误导致数据不准确或违反了相关法规，市场监管部门可能会采取罚款或其他处罚措施。

是否将被列入异常名单取决于具体的规定和错误性质。一般来说，疏忽或轻微的错误不太可能导致企业被列入异常名单，但是具体情况也可能会有所不同。建议及时与市场监管部门联系，了解具体的处理结果和后续措施。