操作新点软件确定综合单价只计取规费和税金，可以按照以下步骤进行：

1. 打开新点软件，确定当前清单综合单价只计取规费、税金。
2. 打开“电子标书”页面，找到需要调整的综合单价分析表，点击“分析综合单价”。
3. 进入“综合单价分析”页面后，可以批量修改清单项的综合单价。在“取费方式”下可以选择规费和税金。
4. 在调整完成后，检查清单项的综合单价是否符合预期，如果有异常可以及时进行调整。

以上信息为基础操作步骤，具体实际操作可能会根据软件版本和需求有所不同。建议根据软件具体操作指引，或咨询相关工作人员，以便更顺利地完成操作。