如果限期拆除决定被撤销，法院确认强拆违法，房屋已经被拆除，行政部门一般不能再重新认定。这是因为法院的裁决具有最终的法律效力，行政部门应该尊重法院的裁决，并按照法院的裁决执行。

如果行政部门仍然坚持重新认定，可能会引发争议和纠纷，也可能导致法律程序上的混乱。因此，建议行政部门在处理类似问题时，应该遵循法院的裁决，并尽可能与当事人协商解决争议，以维护社会稳定和法律秩序。

同时，如果您认为行政部门存在违法行为，可以向相关部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。