如果行政处罚案件中行政复议后经营者发生变更，可以按照以下步骤进行处理：

1. 确认经营者变更后的身份：需要核实变更后经营者的身份信息，确保其合法经营。
2. 通知变更后的经营者参与处罚决定：应当将处罚决定书直接送达给变更后的经营者，或者在经营场所张贴处罚告知书，要求其及时履行义务。
3. 重新作出处罚决定：如果变更后的经营者对原处罚决定提出异议，需要重新审查案件，并在查明事实的基础上，依法作出新的处罚决定。

需要注意的是，行政处罚是一种强制措施，应当遵循法定程序，保障当事人的合法权益。如果经营者发生变更，应当及时通知并重新作出处罚决定，确保行政处罚的合法性和公正性。