如果房土两税困难减免申请超过了时间，可以尝试以下几种方法：

1. 联系当地税务部门：了解他们目前的政策，看看是否有任何延误或补救措施可以采取。
2. 提交申请：如果可以提交申请，请尽早提交，并确保所有必要的信息和文件都已准备好。
3. 咨询法律援助：如果问题无法通过税务部门的帮助解决，可以咨询律师，了解相关法律和政策。

请注意，具体的操作因地区而异，具体请咨询当地的税务部门或相关政策负责人。