三层小别墅装修净水系统的配置可以根据实际需求和预算进行配置，以下是一种建议：

1. 中央净水系统：中央净水系统使用大颗粒的活性炭和KDF等过滤材料，能有效去除水中的余氯、重金属、杂质、铁锈等有害物质，提供干净的饮用水。可以在别墅的厨房区域设置中央净水系统，只需将管道延伸至各个房间和卫生间即可。
2. 前置过滤器：在入户水管处安装一个前置过滤器，可以有效过滤掉水中较大的杂质，防止水垢和细菌滋生，保护热水器、水龙头等家庭用水设备。同时，可以避免管道堵塞，延长用水设备的使用寿命。
3. 厨房净水器：在厨房区域安装一台厨房净水器，可以提供直饮水和烹饪用水。可以选择一个适合的净水器品牌，根据需求配置多个滤芯，如PP棉滤芯、活性炭滤芯、超滤滤芯等，以保证水质的同时节约成本。
4. 直饮水系统：根据家庭成员的需求，可以在适当的位置安装管线机或饮水机等设备，提供直饮水饮用。同时，可以根据预算和实际需求选择适合的反渗透净水器，以满足家庭对纯净水的需求。

此外，还可以根据别墅的实际布局和用水需求，进行其他的净水系统配置。如卫生间区域可以考虑安装适合的浴室净水器等设备。

在选择净水系统产品时，要综合考虑品牌、品质、售后服务等多方面因素，确保选择适合自己的优质产品。同时，进行合理的水路设计，保证净水系统安装的可行性。此外，可以咨询专业装修公司或室内设计师，以及咨询专业的水处理技术人员，以确保配置的净水系统能够满足实际需求。