小型气垫船的气囊磨损后，可以采取以下几种方法进行修复：

1. 更换气囊：如果磨损比较严重，建议直接更换气囊，以保证气垫船的正常使用。
2. 修补磨损部位：如果气囊的磨损程度较轻，可以采取修补的措施。可以使用气囊修补器（一种专门用于修补气囊的设备）来进行修补，修补前需要先将气囊内的空气排出，然后使用修补材料进行修补。
3. 表面处理：无论是更换气囊还是修补磨损部位，都需要对受损部位进行表面处理，即清除表面的污垢和损伤。
4. 涂层处理：为了防止再次磨损，应该给气囊和船体表面涂上合适的涂层，以增加表面硬度、耐磨性和防腐蚀性。
5. 维护保养：平时应该注意气垫船的气囊的维护和保养，定期检查气囊的完好程度，及时进行维修和保养。

总的来说，修复小型气垫船的气囊需要使用专业的工具和材料，建议由专业人员进行操作。同时，平时注意气囊船的维护和保养，也能延长气囊的使用寿命。