国三系统和国六系统主要的差距在于排放标准、实施时间和技术要求等方面的不同。

1. 排放标准：国三系统相比国六系统排放标准较低，国三车最大污染物排放已经达到了国四车排放的两倍，而国六车的排放标准相较于国三车有了很大提升。
2. 实施时间：国三车是在2017到2020年期间销售火爆，而国六车的实施则相对较晚，在2020到2030年期间逐步替代老旧车辆。
3. 技术要求：国六车采用了双流化催化转化器，转化效率更高，并且有实时监测的功能，可以利用车载诊断系统进行自我诊断，还能在后处理系统中设置阈值和提醒车主进行处理。同时，如果第五和第六阶段汽车进入城市交通时出现汽车数量增多造成的污染物排放控制难的问题，就可以根据相应的传感器检查第五和第六阶段汽车的控制系统和前处理系统来保证达到相应的要求。

因此，总的来说，国三系统和国六系统之间存在较大的差距，主要体现在排放标准、实施时间和技术要求等方面。国六车相对于国三车具有更高的排放标准和更先进的技术要求，因此在环保性能方面具有更大的优势。