如果不在规定时间内办理徐州医科大学学生放弃入学资格申请，可能会影响孩子后期高考报名。具体来说，如果学校没有批准学生的退学申请，学生的学籍可能仍然会被记录在学校的招生系统中，这可能会影响学生后期的高考报名和录取。

因此，建议学生在决定放弃入学资格前，与学校进行充分的沟通，并在规定时间内提交相应的申请和材料。同时，也要注意保留好相关证据，以备不时之需。如果已经错过了规定时间，建议及时与学校联系，了解相关政策，并寻求解决方案。