在自然人电子税务局扣缴端中查询个人扣缴明细查询，显示“自然人档案号不能为空”是正常现象。这是因为在查询明细时，必须填写自然人档案号（身份证号码）的原因。这个自然人档案号是为了便于系统识别个人，确保查询结果的准确性和唯一性。如果忘记了自然人档案号，可以到所在单位或当地税务部门咨询，获取正确的自然人档案号。