公司会计每个月在制作工资账时，选择少做一部分工资的原因可能有以下几种：

1. 错误估计了员工的收入水平：会计可能错误地低估了员工的收入，导致工资账目金额偏低。
2. 未考虑到员工的其他收入来源：如果员工有其他收入来源，如兼职、奖金、利润分享等，会计在制作工资账时可能没有考虑到这些因素，导致工资账目金额可能低估了员工的总收入。

这样的做法可能会造成一些问题，例如可能导致员工对工资的误解和争议，甚至可能涉及到违反劳动法的问题。因此，公司应该根据员工的实际收入进行准确的工资核算和发放。

请注意，少做工资的原因可能还有其他多种可能性，具体取决于公司的政策和具体情况。如果对公司工资核算有任何疑问，建议咨询公司的财务部门或人力资源部门。