如果两公司都是零申报，但是在个税综合申报时员工申报反了，导致混淆，可以采取以下处理方式：

1. **更正申报**：前往税务大厅进行更正申报，携带相关资料如：零申报企业基础表格、税务异常证明、委托书等，按照步骤操作即可完成更正申报。
2. **与员工进行沟通**：与涉及到的员工进行沟通，解释情况，并让他们重新提交正确的申报。
3. **重新提交**：如果只是个别员工的申报出错，等下次综合申报时，带上这些反错的报表重新提交即可。

在处理过程中，如果有任何疑问或困惑，可以咨询税务部门或专业人士，以确保正确处理这个问题。