对于公司租农民房屋付租金是否需要开发票，需要根据具体情况而定。如果公司与农民房屋所有者签订了租赁合同，那么应该按照合同规定支付租金并获得相应的发票。如果公司需要开发票，那么可以根据合同中规定的金额和性质，向农民房屋所有者索取发票。

同时，公司也需要了解当地的税收政策，并遵守相关规定。一般来说，租赁合同需要按照当地的税收政策进行备案，并缴纳相应的税费。因此，如果公司需要开发票，也需要按照当地税收政策的要求，向税务机关申请发票并缴纳税费。

总之，公司租农民房屋付租金时需要按照合同规定支付租金并获得相应的发票，同时需要了解当地的税收政策并遵守相关规定。