营利性医疗机构免征增值税，但当其收入超过500万元时，可能会失去免征增值税的资格。此时，该医疗机构需要按照规定缴纳增值税。

具体来说，如果一个营利性医疗机构在连续12个月内的收入超过500万元，那么它需要按照规定计算并缴纳增值税。这意味着该医疗机构需要按照销售额的一定比例（如5%）向税务局缴纳增值税。

因此，如果您的营利性医疗机构收入超过500万元，您需要了解相关税收法规，并按照规定缴纳增值税。同时，您也可以咨询当地税务部门或专业税务顾问，以获取更准确和具体的税收建议。