如果已付款已收货但未收到发票，而对方公司失联或已注销，这可能涉及到税务和财务方面的挑战。在这种情况下，建议及时与税务部门和会计师事务所取得联系，寻求专业建议。以下是一些可能的账务处理方法：

1. 暂估入账：根据交易的其他证据（如聊天记录、交易记录等）进行估计并入账。
2. 报损处理：将商品报损，同时确认销售损失。这可能需要与仓库、质量部门和财务部门密切合作，确保整个过程符合公司政策和当地法律法规。
3. 催要发票：联系供应商的其它渠道，包括通过工商信息网站、社交媒体、行业协会等，询问发票事宜，并要求尽快提供发票。如果无法获得回应，可以尝试向当地税务部门报告。
4. 调查失联和注销：进一步调查失联和已注销供应商的情况，了解他们可能转让或清算的资产，以及他们是否在其它地方仍有业务。这一步骤可能需要与商业伙伴、消费者保护机构或法律部门合作。
5. 维护客户和供应商档案：确保公司档案中保留所有重要的供应商和客户的详细信息，包括联系方式、合同协议、交易记录等。这些信息在应对不诚实或消失的供应商和客户时可能非常有用。
6. 遵循税务规定：遵循当地的税务规定，及时报告交易并处理税务问题。这可能包括提交发票申请、报告销售收入、缴纳税款等。

请注意，以上建议仅供参考，具体处理方式可能会因公司规模、行业法规以及具体情况而异。在这种情况下，最好寻求专业会计师或税务顾问的帮助。