E筋翻样软件出现文件位置放置的不正确，超出3层文件夹的问题，可以尝试以下解决方法：

1. 检查文件路径是否太长：路径太长可能会导致问题，可以尝试缩短路径。
2. 检查文件夹是否被占用：检查所选文件夹是否已被其他程序占用，如果是的话，关闭占用该文件夹的程序后再试。
3. 确保文件名和文件夹名称的正确性：确保文件名和文件夹名称的正确性，没有拼写错误或遗漏。
4. 清理软件缓存：尝试清理软件缓存，重新打开软件，可能能够解决问题。
5. 更新E筋翻样软件：确保E筋翻样软件是最新版本，有可能是软件自身的问题，更新后可能能够解决。
6. 重启电脑：重启电脑后，再打开E筋翻样软件，有时候问题可能会得到解决。

如果以上方法都无法解决问题，建议尝试联系E筋翻样软件的客服或者技术支持寻求进一步帮助。