如果微信公众号年审主体超过100个字节，不能开发票，可以尝试以下几种处理方式：

1. 检查公众号主体是否正确：确保公众号主体为合法认证的企业或组织，且确保正确填写了发票相关信息。
2. 重新提交年审：如果公众号主体名称过长，可以尝试重新提交年审申请，以符合规范。
3. 与服务商沟通：如果公众号由服务商代为运营，可以与服务商联系，了解更多解决方案。

在重新提交年审之后，通常会得到正确的年检结果和相应的解决方案。

对于开发票的问题，如果是公众号的使用费或其他服务费用，建议咨询相关的服务商或服务提供商，以了解如何开发票并获取相应的发票。

希望以上信息对您有帮助。具体情况可能会有所不同，因此建议您直接联系相关的服务商或企业进行咨询。