《庄子哲学论》侧重从哲学的角度解读庄子的思想，故名《庄子哲学论》。全文共分10章，第一到第八章分别从八个不同维度解读、诠释庄子本人的哲学思想，分别是：“第一章庄子的物物哲学”；“第二章庄子的鱼哲学”；“第三章庄子的动物哲学”；“第四章庄子的仿生哲学”；“第五章庄子的语言哲学”；“第六章庄子的生命哲学”；“第七章庄子的命运哲学”；“第八章庄子的交往哲学”。“第九章庄子的先秦视界”旨在具体刻画庄子在先秦时期的地位，在梳理庄子思想特色的同时勾勒了庄子对秦后思想的影响。“第十章庄子的近代视界”展示庄子在近代哲学中的历史命运，以及对近代哲学家的影响。